Компания была основана в 1991 г. под названием Transkom Praha в Праге. Ею был разработан первый электрокотел PROTHERM высокого качества. В 1992 г. производство переместилось на новый завод в г. Скалица в Словакии. Была основана дочерняя организация PROTHERM Transkom, Skalica, которая потом разделилась на два самостоятельных узкоспециализированных на отоплении предприятия — PROTHERM Praha (ООО) и PROTHERM Skalica (ООО). В 1993 компания имела развитую дилерскую сеть и занимала 65 % рынка отопительного оборудования в Чехии и Словакии. В то время политика компании была направлена на развитие и оснащение технологической базы для производства газовых навесных котлов, что было не только своевременным шагом, но и очень успешным решением. Качественное оборудование, сервисная поддержка и гибкая ценовая политика PROTHERM позволили компании завоевать доверие со стороны потребителей и партнеров. В 1994 г. ее доля на рынке Словакии составляла 43%, PROTHERM стала самой продаваемой маркой отопительного оборудования. Благодаря успешному развитию компании и первым успехам на зарубежных рынках, западные концерны из США, Франции, Голландии и Ирландии проявляли интерес к фирме PROTHERM как к возможному стратегическому партнеру. В 1996 г. руководством компании PROTHERM было принято решение по сотрудничеству с одним из самых крупнейших производителей газовых котлов — международным концерном Hepworth Saunier Duval. В этом же году компания получила международный сертификат системы качества производства ISO 9001. В 2001 году произошло слияние Hepworth Saunier Duval с концерном VAILLANT, таким образом PROTHERM Skalica стал частью VAILLANT Group. В 2003 г. с началом расширения производственных мощностей холдинга часть производственных баз VAILLANT Group переместилась в Скалицу. В 2003–2004 гг. было усовершенствовано производство чугунных напольных котлов и введена новая производственная линия для поверхностной обработки металлических конструкций. Завод расширился до семи производственных линий: по три — для производства настенных и напольных котлов и одна линия — для котлов больших мощностей. На заводе PROTHERM расположена одна из самых современных лабораторий в средней Европе с семью испытательными стендами, где котлы тестируются на всех видах газа.
