NespiCMS розроблена на відомому MVC (Model View Controller) фреймворку Code Igniter 4.

Файлова структура CMS повністю відповідає структурі фреймворку, тому з детальною документацією щодо структури, Ви можете ознайомитися в документації самого фреймворку Code Igniter 4.

Файли веб сайту, знаходяться в папці "/application", в якій розташовані папки з файлами MVC ("models", "views", "controllers").

Папка "controllers" - у цій папці лежать файли контролерів CMS.
Папка "models" - у цій папці лежать моделі для роботи з базою даних.
Папка "views", містить файли відображення сторінок сайту, а також папки "functions" і "moduls". На цій папці ми зупинимося детальніше, оскільки в 90% випадків саме вона є ключовою для "кастомізації" сайту.

Папка "/application/views".

У цій папці лежать файли, які є шаблонами типових сторінок сутностей NespiCMS. Наприклад такі, як: текстові сторінки, сторінки каталогу, сторінка картки товару і т. д.

• "chapter.php" - цей файл є шаблоном сторінок сайту, які управляються в пункті меню адмін панелі "розділи".
• "category.php" - цей файл є шаблоном сторінок сайту, які управляються в пункті меню адмін панель "каталог".
• "item.php" - цей файл є шаблоном карток товару.
• "article.php" - цей файл є шаблоном сторінок стрічки елементів (блог, статті, новини і т. д.).
• "search.php" - цей файл є шаблоном сторінки пошуку.
• "account.php" - цей файл є шаблоном сторінок кабінету користувача.
• "registration.php" - цей файл є шаблоном сторінки реєстрації.
• "brand.php" - цей файл є шаблоном сторінки виробника.
• "cart.php" - цей файл є шаблоном сторінки кошика.
• "payment.php" - цей файл є шаблоном сторінки оформленого замовлення.

Папка "/application/views/functions".

У цій папці лежать файли модулів, які вбудовані в систему, і можуть бути застосовані для відображення на будь-якій сторінці сайту через конструктор розташування модулів.
Дані функції, отримують глобальний об'єкт $list, в якому містяться всі змінні отримані у відповідному контролері сторінки. 

Папка "/application/views/moduls".

У цій папці лежать файли модулів, які створені адміністратором сайту в налаштуваннях сайту, у закладці "модулі", і можуть бути застосовані для відображення на будь-якій сторінці сайту через конструктор розташування модулів.
Дані модулі, також отримують глобальний об'єкт $list, в якому містяться всі змінні отримані у відповідному контролері сторінки. Тобто, за допомогою даного об'єкта, розроблювач або адміністратор може робити висновок даних у створених модулях. Наприклад, у змінній $list->chapters, знаходиться масив розділів сайту, а у змінній $list->categorys, масив категорій з каталогу.