Відродження компанії «Байєр» було тісно пов’язане з явищем «економічного дива» у ФРН. Після Другої світової війни «Байєр» вдруге за свою історію втратив свої іноземні активи, і в тому числі свої цінні патенти. Поновлення закордонних операцій мало для компанії першочергове значення. Тому вже у 1946 році, ще перебуваючи під контролем союзників, «Байєр» розпочав відновлювати міжнародну мережу збуту. На початку 1950-х років компанії також дозволили придбавати іноземні філії. Перш за все «Байєр» звернув свою увагу на країни США та Латинської Америки.

Поряд з цим компанія розширювала свою діяльність в Німеччині і Європі. У 1957 році «Байєр» об’єднався із «Дойче БП» («Deutsche BP»), щоб заснувати компанію «Ердолькемі ГмбХ» («Erdolchemie GmbH») в Дормагені, і таким чином успішно вийшов на ринок нафтопродуктів. 1 липня 1964 року відбулося злиття двох найбільших європейських компаній в галузі фотографії, в результаті чого з’явилась «Агфа-Геверт АГ» («Agfa-Gevaert AG»). У 1967 році в Антверпені (Бельгія) був запущений в експлуатацію завод компанії «Байєр».

Така позитивна тенденція розвитку бізнесу ґрунтувалась не лише на відновленні діяльності компанії, але й на веденні досліджень і розробок, так само як і в кінці ХІХ століття. Розширенню компанії сприяв подальший розвиток хімії поліуретанів, поява нових засобів захисту рослин, винайдення таких речовин як поліакрилонітрильне волокно дралон, термопластик макролон, нових барвників для синтетичних волокон та безліч інших відкриттів. У фармацевтичних лабораторіях «Байєр» створювались нові препарати, як наприклад медикаменти для лікування серцево-судинних захворювань, дерматологічні протигрибкові засоби і антибіотики широкого спектра дії.

Після смерті Ульріха Габерланда у 1961 році Головою Ради директорів компанії став Курт Гансен. На початок 1963 року – через сто років з дня створення компанії – штат «Байєр» знову налічував близько 80 000 працівників, а обсяг продажів зріс приблизно до 4,7 млрд. німецьких марок. Для забезпечення подальшого стрімкого розвитку компанії необхідно було реорганізувати групу «Байер», що і було зроблено 1971 року. Філіальна організаційна структура прийшла на зміну функціональній організації, запровадженій на початку 1950-х.