Структурні підрозділи філії
- Адміністративна служба
- Апарат безпеки руху поїздів і автотранспорту
- Господарська служба
- Служба будівельно-монтажних робіт і цивільних споруд
- Служба вагонного господарства
- Служба воєнізованої охорони
- Служба електропостачання
- Служба енергоменеджменту
- Служба з управління майновими і земельними ресурсами
- Служба кадрової та соціальної політики
- Служба капітальних вкладень
- Служба колії
- Служба комерційної роботи та маркетингу
- Служба локомотивного господарства
- Служба матеріально-технічного забезпечення
- Служба пасажирських перевезень
- Служба перевезень
- Служба приміських пасажирських перевезень
- Служба реформування та розвитку систем управління
- Служба сигналізації та зв’язку
- Служба статистики
- Технічна служба
- Фінансово-економічна служба
- Юридична служба
Виробничий підрозділ «Одеська дирекція залізничних перевезень»
Виробничий підрозділ «Шевченківська дирекція залізничних перевезень»
Виробничий підрозділ «Знам’янська дирекція залізничних перевезень»
Виробничий підрозділ «Херсонська дирекція залізничних перевезень»
- Виробничий підрозділ «Одеське відділення» філії «Головний інформаційно-обчислювальний центр» ПАТ «Укрзалізниця»
- Виробничий підрозділ видавничий центр "Південний Експрес"
- Дорожній центр науково-технічної інформації і бібліотечно-бібліографічного обслуговування
- Дорожня автобаза
- Експертно-технічний центр
- Одеський Центр професійного розвитку персоналу
- Відділ з якості продукції