Центральний апарат
Департамент загальної середньої та дошкільної освіти
Департамент професійної освіти
Департамент вищої освіти
Департамент науково-технічного розвитку
Департамент інноваційної діяльності та трансферу технологій
Департамент атестації кадрів вищої кваліфікації та ліцензування
Департамент правового забезпечення
Департамент економіки та фінансування
Департамент кадрового забезпечення
Управління з питань державного майна та підприємств
Управління адміністративно-господарського та організаційного забезпечення
Управління бухгалтерського обліку та звітності
Управління з питань інформаційної політики та комунікацій
Управління міжнародного співробітництва та європейської інтеграції
Сектор внутрішнього аудиту
Спецсектор
Сектор мобілізаційної роботи, цивільного захисту та безпеки життєдіяльності
Патронатна служба міністра