Стрімкому розвитку компанії «Байєр» перешкодила Перша світова війна. Компанію було відрізано від її основних експортних ринків, що спричинило значне зниження продажів барвників і медикаментів. Невдовзі довелось перевести діяльність у площину військової економіки і розпочати виробництво матеріалів військового призначення, в тому числі вибухівки і хімічної зброї. У 1917 році, під час війни, «Байєр» відкрив третю виробничу дільницю у Дормагені.

Руйнівні наслідки війни призвели до втрати компанією більшості закордонних активів. Ринки експорту, від яких залежав її подальший розвиток, залишались більшою частиною недосяжними. Російську філію «Байєр» було експропрійовано під час революції. Американські активи компанії, включаючи її патенти і торгові марки, були конфісковані в 1917 році і продані з аукціону конкурентам. Обсяги продажів у 1919 році склали лише дві третини від результатів 1913 року. Інфляція виснажила фінансові резерви компанії, внаслідок чого у 1923 році «Байєр» не виплатив жодного дивіденду – вдруге за час свого існування з 1885 року.

Тільки завдяки конструктивній співпраці між правлінням і представниками трудового колективу компанії, «Байєр» відносно безболісно пережив нелегкі роки після поразки Німеччини у Першій світовій війні, від Листопадової революції до стабілізації Німеччини у 1923-1924 роках.