Державна екологічна академія післядипломної освіти та управління є виконавцем низки науково-дослідних робіт, основною тематикою яких є вирішення проблем охорони навколишнього природного середовища, раціонального використання природних ресурсів, екологічної безпеки, державного екологічного контролю, земельного контролю та оцінки земельних ділянок, екологічної експертизи, заповідної справи, поводження з відходами, геологічного вивчення надр, топографо-геодезичної та картографічної діяльності, екологічного аудиту, керування навколишнім середовищем, стандартизації, сертифікації, маркування та метрології у природоохоронній галузі.     

Виконання госпдоговірних науково-дослідних робіт в Державній екологічній академії післядипломної освіти та управління здійснюється за напрямом «Прикладні дослідження». НДР фінансуються з державного бюджету за бюджетною програмою Мінприроди 2401040 «Прикладні наукові та науково-технічні розробки, виконання робіт за державними цільовими програмами і державним замовленням у сфері природоохоронної діяльності, фінансова підтримка підготовки наукових кадрів», програмою Державного фонду охорони навколишнього природного середовища по КПКВК 2401270 «Комплексна реалізація державної екологічної політики, здійснення природоохоронних заходів», іншими програмами.