"Украинский банк берет комиссию за проверку документов, хотя проверка уже выполнена иностранным банком. На сколько это правомерно?"

Ваш банк является эмитентом, т.е. он несет полную финансовую ответственность за оплату по аккредитиву. Тот факт, что документы проверяются иностранным банком, не дает 100% гарантии того, что в документах нет расхождений, т.к. подтверждающий банк может (и это случается на практике) пропустить ошибку в документах. Ваш банк, перед тем, как оплатить документы и передать их Вам, обязан убедиться в том, что документы не содержат расхождений. Прежде всего, это соблюдение Ваших интересов, т.к. ошибка в документах может вызвать у Вас проблемы, например, с получением груза и т.п. Как вариант - Вы можете предложить Вашему банку оговорить отказ от проверки документов банком-эмитентом в договоре с банком, в котором Вы дадите согласие на оплату документов с возможными расхождениями, не указанными подтверждающим банком. Но такая практика не распространена, т.к. идет в разрез с общей логикой сделки по аккредитиву.