З метою підвищення рівня фундаментальних та прикладних досліджень систем оптимізації землеробства, тваринництва, розробки науково обґрунтованих технологій сільськогосподарського виробництва, здійснення моніторингу ґрунтів, а також посилення інтеграційних процесів вищої аграрної освіти із залучення студентів до науково-дослідних та дослідно-конструкторських робіт Наказом Міністерства аграрної політики України від 23.10.2006 р. за № 604 у складі Миколаївського державного аграрного університету створено Науково-дослідний інститут сучасних технологій в АПК.
Діяльність НДІ сучасних технологій в АПК спрямовано на підвищення результативності управління сільським господарством та агропромисловим комплексом, забезпечення високих темпів економічного зростання галузі, ефективності формування продовольчої безпеки та експортного потенціалу, впровадження сучасних технологій в АПК в південному регіоні.
У 2008 році на базі НДІ сучасних технологій в АПК Миколаївського ДАУ створено Навчально-науково-практичний центр (далі – Центр), де займаються промисловим насінництвом ярих та озимих зернових культур, інтенсивним овочівництвом. Працює машинно-технологічна станція. Результатом діяльності створеного Центру є:
- проведення науково-дослідницьких робіт науково-педагогічними, науковими працівниками, аспірантами і студентами;
- виробничі перевірки і впровадження наукових розробок згідно з затвердженим науково-тематичним планом університету;
- створення необхідних умов для проведення навчальної, технологічної та виробничої практик студентів;
- здійснення практичного навчання студентів за профілем обраної спеціальності відповідно до навчальних планів і програм на основі зразкового ведення сільськогосподарського виробництва з урахуванням досягнень науково-технічного прогресу.
Створено перепелину ферму, розроблено план ефективного виробництва продукції перепелівництва в науково-дослідному господарстві Миколаївського ДАУ.
У 2008 році університет підключено до державної мережі інформаційно-маркетингових центрів, а також укладено ліцензійну угоду з державним підприємством "Розрахунково-кліринговий центр" з метою передання майнових прав суб´єктів авторського права на продукт науково-практичного характеру "Система Інтернет-бізнесу ContentNet". Це надає університету право на відтворення і розповсюдження зазначеного продукту науково-практичного характеру на території області серед своїх клієнтів, доступ до якого здійснюється через мережу Інтернет за відповідною електронною адресою.
На базі Миколаївського державного аграрного університету проводяться річні збори Всеукраїнського конгресу вчених економістів-аграрників південного регіону країни, на яких обговорюються актуальні проблеми ролі держави у відродженні економічних інтересів сільськогосподарських товаровиробників у розвитку аграрного виробництва в умовах вступу України до СОТ, трансформації земельних відносин до ринкових умов господарювання, удосконалення механізму земельних відносин та інші.
У 2007 році разом з двома іншими ВНЗ України та університетами Бельгії і Німеччини університет отримав грант на реалізацію спільного міжнародного проекту під назвою "Упровадження загальних та новітніх наукових методологій у навчальних програмах магістрів і аспірантів аграрного профілю". У 2008 році за цим проектом пройшли зазначений навчальний курс 23 студенти, 2 з яких – за кордоном. За даним проектом у звітному році впродовж місяця стажування проходили також і науковці університету. За результатами стажування було підготовлено підручник "Наукова комунікація та електронне навчання" (автори: проф. С.Г Чорний, доц. А.В.Дробітько, докторант Н.М.Сіренко), який буде включено до Програми навчання магістрів та аспірантів.
У 2008 році успішно завершено розробку державних стандартів професором Чорним С.Г. (ДСТУ "Якість ґрунту. Оцінка щорічних втрат від ерозії", ДСТУ "Землі еродовані. Вимоги до використання") та доцентом Дудяком І.Д. (ДСТУ "Соки та сокові продукти. Морси. Загальні технічні умови", ДСТУ "Соки та сокові продукти. Коктейлі. Загальні технічні умови", ДСТУ ISO 5518 "Фрукти, овочі та продукти їх перероблення. Визначення вмісту бензойної кислоти. Спектрофотометричний метод").
