На підставі постанови Кабінету Міністрів України від 04 вересня 1998 року № 1377 в Українському фінансово-економічному інституті (Київська обл., м. Ірпінь) була створена кафедра військової підготовки, перші заняття на якій було проведено 23 лютого 1999 року.
     Відповідно до розпорядження Кабінету Міністрів України від 26 липня 2001 року               № 301-р та директиви Міністра оборони України від 01 листопада 2001 року № Д-115/1/0370 «Про проведення організаційних заходів у Збройних силах України» у 2002 році кафедру військової підготовки Академії державної податкової служби, яка, у свою чергу, стала правонаступником Українського фінансово-економічного інституту, переформовано у факультет військової підготовки Академії державної податкової служби України.
     Зі створенням Національного університету державної податкової служби України факультет військової підготовки став структурним підрозділом університету зі збереженням статусу юридичної особи.