Відповідно до наказу Голови ДПА України № 31 від 14.01.1999 р. у структурі Академії ДПС України було створено Науково-дослідний центр з проблем оподаткування як відомчу науково-дослідну установу з метою формування податкової науки в Україні, розробки проблем удосконалення податкової системи України, наукового забезпечення підготовки кваліфікованих кадрів для органів ДПС, розв'язання проблем протидії розповсюдженню податкової злочинності, а також створення економічних передумов.
     Центр активно співпрацює з Комітетами Верховної Ради з питань: фінансів і банківської діяльності; бюджету; економічної політики; законодавчого забезпечення правоохоронної діяльності; державного будівництва, місцевого самоврядування та ін. Науковці Центру широко залучаються до розробки та проведення експертизи законодавчих і нормативних документів з питань оподаткування та регулювання податкових відносин, що подаються на розгляд Верховної Ради.
     Центр співпрацює з провідними науковими установами Національної академії наук України, Академією правових наук України, Національною академією внутрішніх справ, Національною юридичною академією ім. Ярослава Мудрого, Центром з вивчення транснаціональної злочинності при Американському університеті (м. Вашингтон), інститутом міністерства юстиції США.
      Основні завдання Центру:
     – розробка методології оподаткування;
     – удосконалення податкової політики держави;   
     – розробка механізмів реалізації податкової політики держави; 
     – удосконалення системи адміністрування податків;
     – попередження, виявлення і розслідування податкових злочинів;
     – удосконалення оперативно-розшукової діяльності податкової міліції;
     – розробка економічних передумов та організаційно-управлінської і правової інфраструктури детінізації економіки;
     – розробка технологій баз даних та інформатизації у сфері оподаткування;  
     – упровадження міжнародного досвіду у сфері оподаткування;  
     – розробка технологій баз даних та інформатизації у сфері оподаткування;       
     – розробка стандартів якості діяльності в адмініструванні податків;
     – розробка методик аналізу прогнозування податкових надходжень;
     – упровадження сучасних обліково-інформаційних технологій у процес адміністрування податків, зборів та інших обов'язкових платежів;
     – модернізація організаційної та фундаментальної структури ДПС України;
     – дослідження існуючих форм міжнародного співробітництва України у сфері оподаткування;
     – визначення рівня ефективності імплементації Україною міжнародно-правових норм у сфері оподаткування; 
     – налагодження наукових контактів з провідними організаціями та фахівцями зарубіжних країн; 
     – розробка пропозицій щодо вдосконалення договірного та інституційного співробітництва України в сфері оподаткування.
     Тематика науково-дослідних робіт визначається директивними документами вищих органів влади й управління, рішеннями ДПА України та замовлень її галузевих служб. Кожне дослідження, як правило, завершується низкою наукових публікацій, апробацією на конференціях, підготовкою навчальних посібників, монографій, рекомендацій, конкретних документів, спрямованих на впровадження здобутих результатів у навчальний процес та практику діяльності працівників ДПС. За характером і предметом досліджень вихідні документи науково-дослідних робіт можна поділити на такі групи: фундаментальні дослідження; проекти нормативних актів щодо вдосконалення регулювання відповідної сфери діяльності податкових відносин; пропозиції про внесення змін та доповнень до законодавства України; пропозиції щодо організації заходів, спрямованих на поліпшення форм і методів роботи ДПС України та її підрозділів; методичні рекомендації практичним працівникам відповідних органів і підрозділів ДПС України та платникам податків з питань захисту їх конституційних прав та законних інтересів. У своїй діяльності Центр керується Конституцією і законами України, постановами Кабінету Міністрів України, відомчими нормативними актами ДПА України, Статутом та наказами Національного університету ДПС України.
     Результати наукових досліджень працівники Центру реалізують шляхом розробки практичних рекомендацій для Державної податкової адміністрації України та інших організацій; видання монографій, підручників; навчальних та методичних посібників; підготовки наукових видань; публікацій статей, проведення конференцій та семінарів.