Нинішнє айкідо має свої корені в дайто айкіджутсу (daito aikyutsu), засновником якою був принц Тейджун, шостий син імператора Сейва (850-880 pp.) Через сина принца на ім'я Тсунемото це бойове мистецтво перейшло до наступних поколінь родини Мінамото. На той час, коли носієм мистецтва став шінра Сабуро Йошімітсу, молодший брат Йошііе Мінамото, вже були закладені основи нинішнього айкідо. Йошімітсу був, безперечно, людиною надзвичайних здібностей і знань. Другий син Йошімітсу на ім'я Йошікійо мешкав у містечку Такеда в провінції Кай, де він з часом став відомим саме під цим іменем. Отже, техніка передавалася від покоління до покоління як таємне мистецтво родини Такеда, яким володіли лише члени цієї сім'ї. В 1574 році Такеда Кунітсугу переїхав до Айзу; техніка і надалі передавалася лише у колі своєї родини і стала відомою як айзу хан отоме ваза (аіzu hun otome waza). Відтоді це мистецтво лишалося виключно заняттям самураїв і не виходило за межі родинного клану до того часу, поки в 1868 році Японія не стала відкритою країною. Сокаку Такеда (Sokaku Takeda), який на той час був главою сім'ї, почав навчати сімейному воїнському мистецтву й тих, хто не належав до його родини Він мандрував щойно об'єднаною Японією і врешті оселився в Хоккайдо. Його син Токімуне Такеда (Tokimune Takeda) відкрив дайтокан доджо (daitokan dojo) в містечку Абашірі (Abashiri), провінція Хоккайдо, і продовжував розвивати дайто рю айкіджуджітсу (daito ryu aiki-jujitsu).

Серед найталановитіших учнів Сокаку Такеда був Моріхей Уесіба. Уесіба Сенсей, людина з надзвичайними здібностями, привніс до дайто рю айкіджуджітсу основи інших шкіл древніх бойових мистецтв і додав свою власну техніку, що разом і створило основи сучасного айкідо. В доджо у Вакамоудхо (Wakamoudho), Токіо, Уесіба Сенсей упродовж багатьох років навчав своєму мистецтву і здійснював загальне керівництво створеною ним організацією одним із найкращих учнів Уесіба Сенсея 6ув Соке Годзо Шіода (Soke Gozo Shioda), який пізніше заснував Йосінкан Айкідо (Yoshinkan Aikodo). Він доклав багато зусиль для поширення і популяризацій айкідо після другої світової війни. Соке Годзо Шіода народився 1915 року і був сином відомого лікаря. Маючи 18 років, він почав навчатися айкідо у Моріхея Уесіба Сенсея, основоположника айкідо. Упродовж восьми років він присвятив себе виключно вивченню айкідо, і в результаті сам став майстром цього бойового мистецтва. Ще учнем він демонстрував чітку, ніби вирізьблену техніку, а наприкнці життя вражав своєю надзвичайною силою.

Піднесення інтересу до айкідо після війни розпочалося, певно, в 1954 році, коли в Токіо було організовано демонстраційний показ воїнських мистецтв Японії. У ньому брали участь чимало видатних майстрів японського будо. Вражаючий виступ Соке Годзо Шіода приніс йому першу премію. Упродовж наступних декількох років за підтримки багатьох спонсорів було створено Айкідо Йосінкан, на чолі якого став Соке Годзо Шіода. Спершу навчання з Йосінкан Айкідо проводилося в Тсукудо Хачіман (Tsukudo Hachiman), Токіо, а звідти перемістилося до Йойогі, Коганеі і врешті до Каміочіай (Kamiochiai. район Шіндзукі (Shinjuki)), де й понині знаходиться Хомбу Доджо Айкідо Йосінкан.

В Японії Йосінкан Айкідо вивчають в системі державної освіти в поліції та в групах, де займаються всі бажаючі. В країні існує понад 100 шкіл Айкідо Йосінкан. Це мистецтво поширене в багатьох країнах світу. Серед визначних осіб, які відвідали Йосінкан Хомбу Доджо, були Роберт Кенеді та його дружила (1962), принцеса Олександра з Великої Британії (1962) та принц спадкоємець престолу Японії Хірономія в травні 1987 р. Всі вони зустрічалися з Соке Годзо Шіода Сенсеєм і були присутні на його демонстраційних виступах.

З часом, внаслідок поступового збільшення кількості членів, планування діяльності організації та управління нею ускладнювалися. Було прийнято рішення про організацію товариства. За мету було поставлено створення умов для сприяння навчанню молоді.

В 1989 р. Соке Годзо Шіода разом з паном Фредом Хайнсом та паном Марком Бейкером розпочали роботу по створенню Міжнародної Федерації Йосінкан Айкідо - МФЙА (International Yoshinkai Aikido Federation - IYAF) Відчувалася нагальна потреба в створенні всесвітньої федерації, оскільки ієрархічна структура Йосінкан у кожній країні уповільнювала розвиток Йосінкан Айкідо. Завдяки створенню федерації стало можливим направляти інструкторів безпосередньо з Хомбу доджо. Тепер з'явилася можливість встановлювати прямі зв'язки з Хомбу доджо, що сприяло зміцненню взаємин між окремими осередками Йосінкан Айкідо і, тим самим, вільному обміну інформацією. В 1990 році роботу по створенню Міжнародної Федерації Йосінкан Айкідо під керівництвом Соке Годзо Шіода було завершено. Міністр закордонних справ Японії пан Куранарі став президентом МФЙА. В червні 1990 р. в Канаді було скликано організаційний комітет. На цій зустрічі були присутні інструктори з найвищими ступенями з багатьох країн. Це був свого роду форму, де всі могли зібратися разом, обмінятися думками і під керівництвом Соке Годзо Шіода розробити спільну філософію МФЙА.

Було визначено, що упродовж першого року буде проведено аналіз потреб і отримано зворотний зв'язок від осередків Йосінкан Айкідо в усьому світі. Завдяки такому процесу були розроблені статутні документи федерації. В 1991 році відбувся розпуск організаційного комітету. Пан Куранарі нині обіймає єдину офіційну посаду в федерації, і МФЙА є федерацією не лише на словах.

7 липня 1994 р. у віці 78 років Соке Годзо Шіода Сенсей пішов з життя. Він відкрив нам динамічне мистецтво Йосінкан Айкідо і разом з ним - чіткі ефективні методи навчання, застосування яких забезпечить розвиток техніки Йосінкан у майбутньому.