У Бердянському державному педагогічному університеті на громадських засадах функціонують три науково-дослідні інститути.

В Інституті нанотехнологій (директор – доктор фіз.-мат. наук, професор Валерій Кідалов) за рахунок коштів державного бюджету виконуються фундаментальні дослідження “Розробка технології отримання квантоворозмірних структур і наноструктурованих матеріалів та дослідження їх властивостей” (керівник: доктор фіз.-мат. наук, професор Валерій Кідалов); “Композити на основі халькогенідних стекол та полімерів як матеріали для створення елементів фотоніки” (керівник – канд. фіз.-мат. наук доцент Ігор Рогозін). *

Науково-дослідний інститут історичної урбаністики (директор – доктор іст. наук, професор Вікторія Константінова) було створено у 2012 р. науковцями Бердянського державного педагогічного університету спільно з Інститутом української археографії та джерелознавства ім. М.С. Грушевського НАН України. Напрямками роботи НДІ є: багатоаспектне наукове дослідження міської історії; робота в складі редколегії та авторів історико-культурологічного альманаху «Фронтири міста»; проведення усноісторичних досліджень з міської історії із формуванням архіву усноісторичних інтерв’ю;  формування депозитарію кінодокументів з міської історії; громадська діяльність, спрямована на популяризацію історії міст і на взаємодію науковців із суспільством.

Науково-дослідний інститут слов’янознавства та компаративістики (директор – доктор філол. наук, професор Софія Філоненко) є співорганізатором щорічних міжнародних наукових конференцій філологів у  м. Бердянську, під його егідою у 2014-2017 роках проводився Всеукраїнський конкурс студентських наукових робіт у царині «Гендерні дослідження». НДІ підтримує наукові зв’язки з університетами Польщі, Мексики, Німеччини, Білорусі, а також із українським представництвом Фонду імені Гайнріха Бьолля, за допомогою якого пройшли лекції та публічні дискусії за участі Оксани Кісь, Тамари Злобіної, Тетяни Пастушенко та інших відомих учених.