Офіційно пошукова машина Яндекс була анонсована на виставці Softool 23 вересня 1997 року. Серед основних відмінних рис yandex.ru на той момент були перевірка унікальності документів (виняток копій в різних кодуваннях), облік морфології російської мови (в тому числі і пошук за точною словоформою), пошук з урахуванням відстані (у тому числі в межах абзацу, точне словосполучення), ретельно розроблений алгоритм оцінки релевантності, що враховує не тільки кількість слів запиту, знайдених в тексті, але і "контрастність" слова (його відносну частоту для даного документа), відстань між словами, і положення слова в документі.
Буквально через два місяці, в листопаді 1997 року, Yandex дав відповідь на перший запит.
Швидкий ріст обсягу користувачів і видавців Рунету призвів до того, що Yandex створив нового пошукового робота, який дозволив оптимізувати і прискорити обхід сайтів Рунета. У його користувачів з’явилися нові можливості, серед яких пошук по різних зонах тексту (заголовкам, посиланням, анотаціям, адресам, підписам до картинок), обмеження пошуку на групу сайтів, пошук по посиланнях і зображеннях, виділення документів російською мовою.
З’явився пошук в категоріях на сьогоднішній день популярного каталога Yandex. Вперше в Рунеті було введено поняття «індекс цитування» - кількість ресурсів, що посилаються на даний.
Сама компанія «Яндекс» була утворена в 2000 році акціонерами CompTek - компанії, що створила і протягом довгого часу розвивала проект Яndex. Так само компанія ru-Net Holdings інвестувати 5 миллионов 280 тисяч доларів і отримала у новій компанії частку в 35,72%. До числа акціонерів увійшли також менеджмент та провідні розробники пошукової системи. Генеральним директором був призначений Аркадій Волож. Були відкриті Яндекс.Пошта, Яндекс.Новини, Яндекс.Листівки, Яндекс.Закладки, і навіть «аскетичний Яндекс», а також безліч інших сервісів.
Головна відмінна риса Яндекса - можливість точної настройки пошукового запиту, що реалізована за рахунок гнучкої мови запитів.
Саме слово Яндекс придумали в 1993 році, а публічно воно було виголошено в 1996 році і означало тоді не компанію і не пошукову машину, а технологію пошуку на власному сервері та морфологічну приставку до пошукової системи Altavista.com.
У травні 2017 року, виконуючи Указ Президента України, дана пошукова система і ряд її сервісів були заблоковані для української аудиторії. Офіційними представниками з безпеки висловлено думку, що її ресурси стали використовуватися агресором в особі РФ, для ворожих цілей.