Паралельно інститутом проводилася постійна робота з підготовки науково-викладацьких кадрів. Першою формою підготовки була інтернатура з дворічним строком навчання, впроваджена НКОЗ України у 1928 році. Перший випуск нараховував 84 лікарів-інтернів. З метою підвищення якості підготовки лікарів-інтернів спеціальним наказом НКОЗ України організаційно-методичне керівництво інтернами було покладено на Український центральний інститут удосконалення лікарів. Інтернатура проіснувала до 1938 року, відіграла позитивну роль в підготовці спеціалістів.

Другою формою підготовки науково-викладацьких кадрів стала аспірантура та клінічна ординатура, впроваджені НКОЗ України у 1931 році. Організаційно-методичне керівництво знову було покладено на Український центральний інститут удосконалення лікарів.

У роки Великої Вітчизняної війни інститут був евакуйований в тил і займався перепідготовкою лікарів для госпіталів та військових частин.

До 50-річного ювілею (1973р.) в інституті функціонувало 40 кафедр і 2 курси. У другій половині 70 років (ректор проф. М.І. Хвисюк) значно поліпшується матеріально-технічна база інституту. Починаючи з 1977р. в інституті було створено 24 кафедри з найпріорітетніших дисциплін вперше в Радянському Союзі (кафедри травматології та вертебрології, неонатології, наркології та інші).
З 1991 року інститут підпорядковано Міністерству охорони здоров’я України і перейменовано в Харківський інститут удосконалення лікарів, а в 1999 році – в Харківську медичну академію післядипломної освіти.
В Академії функціонують 64 кафедри, які об’єднані в 5 факультетів: терапевтичний, хірургічний, педіатричний, медико-профілактичний та організований вперше в Україні факультет загальної практики сімейної медицини. Навчальний план та програма підготовки спеціалістів з фаху “загальна практика – сімейна медицина” включає 21 спеціальність. За роки існування на факультеті було підготовлено на 30 циклах для лікарів 1200 курсантів, з них – для Харкова та Харківської області 950. З 2000 року на 8 циклах для медичних сестер загальної практики – сімейної медицини було підготовлено близько 200 сестер.

Академія приймає участь у впровадженні сімейної медицини в практику охорони здоров’я України. З 2001 року працює учбово-науково-методична лабораторія сімейної медицини. Лабораторія прийняла активну участь у розробці документів 1-го з`їзду сімейних лікарів для організації діяльності установ сімейної медицини. За участю фахівців ХМАПО в Харківський області в 2001 році відкрито 104 амбулаторії сімейного лікаря. На більш як 750 циклах тематичного удосконалення, спеціалізації, передатестаційних циклах щорічно в Академії навчається близько 15 тисяч лікарів.

У квітні 2000 року Академія отримала ліцензію на надання освітніх послуг, пов’язаних з отриманням освіти на рівні кваліфікаційних вимог до перепідготовки лікарів з фаху “Менеджмент організацій в охороні здоров’я”. У 2002 році Академія одержала від ДАК України ліцензії на надання освітніх послуг пов’язаних з одержанням вищої освіти на рівні кваліфікаційних вимог до молодшого спеціаліста, бакалавра, та на їх перепідготовку. За наказом МОЗ України в структурі Академії в 2002 році відкрито медичний коледж.

Велика робота проводиться колективом академії для організації навчального процесу на основі останніх досягнень педагогічної науки, впровадження інтенсивних методів і технічних засобів навчання.

На протязі останніх років в ХМАПО вперше в Україні розроблялись і вже впроваджені в роботу критерії оцінки якості роботи викладача, котрі включають 4 напрямки: навчально-педагогічну роботу, наукову роботу, лікувальну роботу, а також фінансово-господарчу. В кожному напрямку випрацьована достатня кількість показників, які дозволяють об‘єктивно оцінити навчальний процес на кафедрах Академії.

ХМАПО, маючи усі технічні та педагогічні можливості для розвитку мережі дистанційного навчання, впроваджує його на факультеті “Менеджмент в охороні здоров’я”. Курс містить у собі дидактичні, методичні та інформаційно-довідкові матеріали з навчальної дисципліни, а також програмне забезпечення, що дозволяє комплексно використовувати їх для самостійного контролю знань. Дистанційне навчання дозволяє змінити зміст, методи і форми навчання.

За останні роки Академією за наказом МОЗ України підготовлено й затверджено на Координаційній Раді МОЗ України 10 програм інтернатури, 22 програми спеціалізації, 55 програм передатестаційних циклів та комп’ютерні тести для передатестаційних циклів.

Значний внесок в розвиток методичної роботи зроблено кафедрами, які згідно наказу МОЗ України були визначені опорними – 26 кафедр, 31 спеціальність. Створено раду опорних кафедр. Завдяки організаційних ініціатив цих колективів покращилося координування та стандартизація викладацького процесу на споріднених кафедрах у різних ВУЗах країни.

Для поліпшення стану методичної роботи була поновлена діяльність семінарів завучів, проведено анкетування їх. Пропозиції викладачів щодо підвищення якості викладання в подальшому обговорюється та затверджується на учбово-методичній раді та вченій раді академії.

В Академії функціонує “Школа молодого викладача”, на семінарах якої обговорюється система та методи освіти у світі, правові та економічні аспекти медицини та вищої школи, дидактика та нові технології освіти.

Проведення цих закладів поряд з підвищенням кваліфікації викладачами на спеціальних курсах, сприяє покращенню якості навчального процесу, стану методичної документації, впровадженню нових технологій навчання, і, як наслідок, більш високому рівню фахової підготовки спеціаліста.

За 90 років існування Харківської медичної академії післядипломної освіти зроблено багато, але плани на майбутнє дуже великі – це інтенсифікація учбового процесу, розробка комплексних програм з урахуванням сучасних досягнень в галузі науки і техніки, впровадження дистанційних технологій навчання на кафедрах академії, що передбачено “Національною програмою інформатизації”.

Харківська медична академія післядипломної освіти за рівнем і якістю підготовки впевнено входить до світового медичного простору .