Почти за 200 лет  было получено более 1150 наград, в том числе 70 – на международных выставках, включая дореволюционные (376 медалей разного достоинства, из которых 63 – зарубежные). Из них – 75 золотых медалей, 100 серебряных, 188 бронзовых. Есть памятные медали, почетные знаки различных званий, дипломы, аттестаты, свидетельства участников выставок, почетные грамоты, благодарности ВДНХ СССР.

    Из выставок наиболее престижными были Всемирные выставки в Вене в 1873 г., в Париже в 1900 году и в Осаке в 1990 году, на которых  было получено восемнадцать медалей. Остальные награды получены на международных, всероссийских, всесоюзных, республиканских и прочих выставках. Можно еще отметить, что в дореволюционный период насчитывалось всего 32 награды. Основное количество наград заслуженно пришлось на советский период. В 1962 году Государственный Никитский ботанический сад (ГНБС) был удостоен ордена Трудового Красного Знамени СССР, семь его сотрудников имеют высокое звание заслуженного деятеля науки УССР, шестеро являлись лауреатами Государственной премии СССР и один – Государственной премии УССР. В ГНБС работали заслуженные работники сельского хозяйства УССР, заслуженные агрономы УССР, заслуженные работники лесного хозяйства УССР, почетные садовники УССР и отличники сельского хозяйства УССР. В 1995 году  была названа малая планета в поясе астероидов за №4480 – «Никитиботания». В 1998 году ГНБС за научную работу стал лауреатом всеукраинского рейтинга «Золотая фортуна – 1998».

    Только за последние 10 лет НБС-ННЦ был награжден Дипломом Министерства курортов и туризма Крыма и Почетной грамотой Министерства агропромышленного комплекса Крыма, благодарностью Корпуса Мира США в Украине, многочисленными дипломами международных выставок. НБС дважды стал одним из победителей конкурса «7 чудес Крыма».