Спрямована на організацію належного обліку і зберігання фондового матеріалу; звіряння наявності музейних колекцій, приймання музейних предметів на матеріальну відповідальність.

Значна увага приділялється питанням збереженості музейних предметів. Багато питань вирішується на засіданнях науково-реставраційних рад Заповідника щодо зберігання та реставрації цінних рухомих пам‘яток мистецтва – "срібних фрагментів Царських врат", мідних вхідних дверей до Софійського собору, проведенню реставрації ікони "Святкування ізраїльтянами першої Пасхи" з Андріївської церкви тощо.

Передано на реставрацію цінні історичні пам‘ятки з поховання київського митрополита Рафаїла Заборовського, як митра, поручі, омофор. Передано на дослідження медальйони з вхідних дверей Софійського собору з живописними зображеннями архангелів. Розглядалися питання щодо проведення реконструкції панікадила з Кирилівської церкви, стану збереження ікон з іконостаса Софійського собору.

Для вирішення питання щодо подальшого зберігання орнаментів із зворотного боку іконостаса Андріївської церкви у фонди Заповідника були запрошені студенти ІІІ курсу Національної академії образотворчого мистецтва та архітектури України, які під наглядом викладачів вивчали питання доцільності проведення реставраційних та консерваційних робіт.

Паралельно з фондовою роботою здійснювалась наукова робота. Наукові співробітники виконують дослідницьку роботу за науковими темами, затвердженими вченою радою Заповідника.

У той же час проводилася наукова паспортизація музейних предметів. Cпівробітники відділу складають науково-уніфіковані паспорти. Проводиться робота із складання карток для каталогу монументального живопису Софійського собору.

Наукові співробітники фондів приймають активну участь у відборі фондових предметів з метою організації виставок. Проводилося наукове комплектування фондових колекцій.