Вторая команда футбольного клуба «Гелиос» создана в январе 2005 года. Ее рождение стало жизненной необходимостью, ведь перспективной молодежи главной команды необходимо где-то получать игровую практику и на деле доказывать полноту своих притязаний на место в заявке «основы». Старшим тренером коллектива стал первый в истории «Гелиоса» капитан команды Константин Пахомов. Лишь осенью 2004 года он завершил карьеру игрока, а через пару месяцев от президента ФК «Гелиос» Александра Гельштейна получил карт-бланш на формирование второго клубного коллектива.

Первыми игроками «Гелиоса-2» стали футболисты 1986-87 гг. р., которые по различным причинам оказались невостребованными другими футбольными коллективами города. Им был дан шанс проявить себя и не затеряться среди множества воспитанников различных школ. Нельзя не отметить, что в числе первых в команде появились такие игроки как Виталий Собко и Олег Федосов, уже имеющие опыт выступления за первую команду ФК «Гелиос». Немногим позднее были приглашены Роман Рамазанов и Артем Иванченко, также уже «засветившиеся» в основном коллективе клуба.

Первым турниром, в котором «Гелиос-2» принял участие, стал Зимний чемпионат Харьковской области 2005 года. Проведя в одной из подгрупп четыре поединка, команда завершилась предварительных этап соревнований на четвертом месте. Это дало ей возможность сыграть в стыковой встрече за седьмое-восьмое места. Оппонентом молодежи «солнечных» стал «Локомотив» из Панютино, который благодаря дублю Федосова был повержен со счетом 2:0.

Вышла команда на старт и Летнего чемпионата области. При этом дебютировать ей пришлось в когорте коллективов высшей региональной лиги. Почин получился отменным: одержав 15 побед при шести ничьих и девяти поражениях (разница мячей 57-46), «Гелиос-2» набрал 51 очко и расположился в итоговой таблице чемпионата на высокой шестой позиции. По ходу турнира команда пережила смену наставника – летом 2005 года Константин Пахомов был переведен на работу в тренерский штаб первой команды, а его место занял еще один бывший игрок «Гелиоса» Сергей Вольваков.

В начале 2006 года «Гелиос-2» во второй раз в своей недолгой истории принял участие в Зимнем чемпионате Харьковской области. Выступила в нем команда лучше, чем в год дебюта. Став в своей отборочной группе третьей, она в стыковом поединке за пятое-шестое итоговые места со счетом 1:0 (автор победного мяча Роман Рамазанов) одолела харьковский «Арсенал-2».

Перед началом второго в истории «Гелиоса-2» Летнего областного первенства в команду вернулся Константин Пахомов, ставший, как и ранее, ее старшим тренером. Дебютный отрезок у молодежи «солнечных» вышел удачным – они стартовали в сезоне с пяти побед подряд. Однако затем свой ход «Гелиос-2» ослабил. Главной причиной этого стала «смена поколений». Дело в том, что по ходу турнира было принято решение отказаться от услуг некоторых футболистов, которые уже вышли из юношеского возраста, а в росте мастерства несколько остановились. На смену им была приглашена большая группа 16-17-летних игроков, которые проходят подготовку в «боевых условиях» областного чемпионата.