Національний музей-садиба М.І. Пирогова розташований в південно-західній частині міста Вінниці, у живописній садибі Вишня, де впродовж останніх двадцяти років (1861-1881) жив і працював видатний вчений, геніальний хірург, анатом, творець воєнно-польової хірургії, засновник Товариства Червоного Хреста, прекрасний педагог і громадський діяч Микола Іванович Пирогов.
Метою діяльності Національного музею-садиби М.І. Пирогова є збереження особливого культурного середовища, яке було за життя вченого.
Це визначає сенс музею, представленого взаємозв'язаною системою об'єктів культурної спадщини і пам'яток садово-паркового мистецтва, до складу яких входять:
- будинок, в якому жив М.І Пирогов, і де розміщена експозиція про його життя і діяльність.
- музей-аптека з інтер'єрами приймальні та операційної М. І. Пирогова в його садибі Вишня.
- церква-некрополь, де покоїться набальзамоване тіло ученого.
- меморіальний парк, в якому збереглися дерева, посаджені М.І. Пироговим.
Музей був відкритий 9 вересня 1947 року у колишній садибі М.І. Пирогова Вишня, яку він придбав у спадкоємців доктора медицини А.А. Гриколевського на торгах у Києві 1859 року, працюючи на посаді попечителя Київського учбового округу.
Об’єктами музейного комплексу є півтораповерховий будинок і аптека, які споруджені М.І. Пироговим у 1866 році, та церква-некрополь, будівництво якої завершено у 1885 році. З 1882 року тут покоїться набальзамоване тіло М.І. Пирогова.
М.І. Пирогов за порівняно короткий час упорядкував занедбане господарство. Однак його основним заняттям була лікарська справа. У садибі Вишня М.І. Пирогов відкрив лікарню, де робив складні на той час хірургічні операції, які мали гарні результати.
Звідси М.І. Пирогов тричі виїздив. В 1862-1866 рр. він керував підготовкою молодих вчених у професорському інституті в Німеччині. 1870 року М.І. Пирогов. як представник Товариства Червоного Хреста. виїздив на франко-прусську війну, а 1877 року – на російсько-турецьку.
Помер М.І. Пирогов 23 листопада (5 грудня н.с.) 1881 року. Набальзамоване петербурзьким лікарем Д.І. Виводцевим тіло М.І. Пирогова 24 січня 1882 року було перенесено до родинної усипальниці, над якою 1885 року за проектом академіка В.І. Сичугова була побудувана церква і освячена на честь св. Миколи Чудотворця.
Практично цим було покладено початок Пироговському музею у Вишні.