С конца XV века в городе закрепились турки, и он на несколько столетий приобрёл восточный облик. Генуэзскую крепость турки превратили в цитадель своей более обширной крепости, которая, как и её предшественница, была построена из камней античных построек.

Посетивший Керчь в первые годы XIX века П.И. Сумароков сообщает, что вокруг церкви Иоанна Предтечи "в изобилии валялись частицы мраморных колонн, капителей и необработанные онаго куски… На воротах к городу виден на одной стороне лежащий мраморный же лев, каковой точно, судя по опустелому месту, был некогда и на другой стороне". По свидетельству И.А. Стемпковского, "на воротах крепости Керченской долгое время виден был древний барельеф, изображающий грифона". Снаружи, у ворот крепости, находился длинный, разделённый на отсеки бассейн общественного фонтана, восходящего к античности – "передняя его сторона сделана из мрамора, и он превосходит все другие в Крыму".

Турецкую Керчь хорошо описал подполковник Томилов после взятия её русскими войсками в 1771 году. Её кварталы группировались вдоль главной улицы, шедшей от ворот крепости мимо опустошённого, с редкими развалами кладок склона Митридата. Узкие, кривые улицы сходились к базару у крепостных ворот, напротив которых стояла мечеть. В крепости и городе было тогда 8 мечетей, 50 лавок торговцев, 674 дома и несколько зданий с банями. Горожане жили за счёт рыболовства, виноградарства, садоводства и торговли с Кавказом и Турцией. Весть о появлении в заливе русской эскадры вызвала в лишённой гарнизона Керчи панический ужас. Все турки и часть татар бежали на военных и торговых судах в Турцию, опустошив город. Основная масса татар ушла к Кафе. Русских встретила в городе горстка греков, армян и грузин.