Прошло всего 32 года и мечеть Амра стала слишком маленькой для все возрастающего мусульманского сообщества.

В 673 году Уммаидский калиф Дамаска Mu'awiya приказал добавить минареты к 4-м углам мечети. На них можно было взойти по внешним ступеням, указывающим, что в мечети нет внутренних ступень, ведущих на крышу. Имя управляющего Египтом, выполнявшего строительство минаретов было написано на последних (Maslama ibn Mukhallad).

Позднее минареты были добавлены ко всем мечетям в Аль-Фустате, которые прежде при помощи naqus, провозглашали время молитвы ( разновидность колокола, колокольчика, используемого Коптами).

В 827 году, по словам Кресвелла, была построена южная стена данной мечети  Abd Allah ibn Tahir, увеличившая мечеть до ее настоящего размера.

По мимо расширения мечети несколько других добавлений и реставрационных работ было проведено. Изначальная плоская ниша для моления (михраб) была заменена на вогнутую, которая стала с тех пор главным элементом во всех религиозных строениях. Средневековые историки датируют это новшество по-разному. Некоторые приписывают это  управляющему Maslama ibn Mukhallad (667-81) или другому управляющему Abd al-Aziz (684-703). Прочие, в том числе и Кресвелл, считают, что ниша была добавлена в 711 году. В последнем случае ниша мечети Амра могла бы стать второй нишей данного типа в исламской архитектуре после той, что была добавлена к мечети в Медине Umar ibn Abd al-Aziz, во времена правления калифа аль-Валида (707-709).

Происхождение вогнутой ниши всегда волновало средневековых арабских историков, один из которых (al-Suyuti) утверждал, что изначально избегали подобных ниш, так как они использовались в церквях. Коптские ремесленники из Египта были заняты на работах в Медине во времена появления первой вогнутой ниши. К 15 столетию в мечети Амра было три михраба (ниша для моления).

Со временем минбар стал неотъемлемой частью всех мечетей, хотя использовать его разрешалось лишь в пятничных мечетях. В те времена была лишь 1 пятничная мечеть в каждом городе. Со временем их число возрасло. В 777 году Аббасидский калиф al-Mahdi приказал уменьшить высоту минбара во всех мечетях империи и отменить использование maqsura ( отгороженное место возле михраба, где правитель молился один). Похоже на то, что максура произошла от предосторожности, так как более одного лидера было убито во время молитв и поэтому указ калифа не просуществовал долго. Максура в мечети Амра появилась в первом веке после ее основания. В 1050 году для летнего использования были построены деревянные максура и михраб, давая понять, что данные структуры должны быть портативными и использоваться за пределами святыни.

В 870 году во время правления Ибн Тулуна к мечети была добавлена структура, состоящая из деревянных колонн с горизонтальными прутьями в качестве навеса, так как люди жаловались  на жару внутри мечети.

Во времена правления аль-Хакима данную структуру убрали, так как будучи окрашенной в красный и зеленый цвета она облупилась.

Путешественник по имени Muqadassi, посетивший мечеть Амра в 10 веке сообщал, что стены мечети были украшены стеклянной мозаикой. В 997 году по приказу калифа аль-Хакима некоторые мозаики мечети Амра были убраны, а стены покрыли штукатуркой. Аль-Хаким подарим мечети гиганский канделябр.

Среди различных сооружений мечети Амра, которые являлись типичными для многих ранних мечетей, был и bayt al-mal или сокровищница для нужд сообщества.  Она представляла собой куполообразную структуру, покоющуюся на колоннах. В 989 году под колоннами был установлен декоративных фонтан.

В 1046-47 годах Фатимидский калиф аль-Мустансир добавил к михрабу серебряный колокольчик и посеребрил ее колонны.

В 937 году при правлении Ikhshidids капители колонн мечети были позолочены, а в 989-90 годах калиф аль-Азиз приказал сделать позолоченный минбар.

Во времена правления Фатимидов (969-1171) мечеть Амра имела 5 минаретов, 4 располагались по углам, а 5-й у осевого входа. Каждый минарет имел свое имя: al-Ghurfa  или Arafa, al-Kabira или Большой, al-Jadida или Новый, al-Mustajadda или Только что сделанный, al-Sa'da – литературно Счастливый, но возможно, что был так назван по имени спонсера al-Sa'id. Все эти минареты со временем исчезли, а 2 минарета, что сейчас остаются у мечети  - один возле главного входа,  а другой у юго-западного угла – были построены в 1800 году Мурад бейем, который практически целиком перестроил мечеть в этом же году.

Одним из самых выдающихся рестовраторов мечети Амра ибн аль-Аса считается Салах аль-Дин Айюбид (1171-93), отреставрировавший ее после пожара спровоцированного в аль-Фустате для отброса назад Крестоносцев. Под одним из минаретов он построил бельведер, убрал серебряный колокольчик с михраба.

Мамлюкские султаны аль-Захир Байбарс и аль-Мансур Калаун также внесли лепту в поддержку первой мечети Египта. В 1303 году после землятресения принц Салар восстановил здание мечети и спонсировал создание резного стакко-михраба на внешней стене, которая исчезла лишь несколько лет назад.

Мечеть Амра, как и все средневековые мечети была не только местом поклонения, но и местом для важных гражданских собраний. По мимо этого, мечеть являлась центром теологического учения и учения закону плюс прочим наукам, интересовавшим средневековое общество. Имам Шафи'и, основатель 4-х правил исламского закона Суннитов, преподавал в этой мечети в 8-м веке.